با این حال، تیم ملی آمریکا با وجود غیبت او همچنان در این مسابقات سلطه خود را حفظ کرد.
فلپس که در المپیک آتن 8 مدال از جمله 6 مدال طلا را به تنهایی تصاحب کرده بود، امید داشت که این موفقیت را در این رقابت‏ها نیز تکرار کند اما بنا به دستور دکتر جیم جانسن مجبور شد به خانه‏اش در بالتیمور برگردد. البته ناراحتی کمر او چندان حاد نبود؛ اما پزشکان حاضر نشدند روی او ریسک کنند.