دكتر محمود احمدي‌نژاد، رئیس جمهور، طي حكمي دكتر علي لاريجاني را به سمت دبير شورايعالي امنيت ملي و مجتبي‎‎ ثمره‎ هـاشمـي را به عنوان مشـاور ارشـد رئيس‎ جمهوري منصوب كرد. در حكم رئیس جمهور به علی لاریجانی آمده است :
انتظار دارد آن طور كه شأن ملت عزيز و مقتدر ايران اقتضاء مي‌كند با برنامه‌ريزي، ابتكار و بكارگيري، نيروهاي مؤمن، متعهد، خلاق و كارآمد دبيرخانه را بيش از گذشته فعال كنيد و لوازم اخذ تصميمات صحيح را كه ضامن عزت و مصلحت مردم و تامين منافع و حقوق ملي و پاسداري از انقلاب اسلامي و دفاع از امنيت و تماميت ارضي كشور باشد فراهم آوريد. ضمنا از زحمات چندين ساله جناب آقاي دكتر روحاني تشكر و قدرداني مي‌كنم.