تام كروز گفت: فرزندشان كه به زودي متولد مي‌‏شود، كاتوليك نخواهد بود. هرچند "هولمز" 27 ساله مذهبش كاتوليك است .
وي در ادامه توضيحاتش درباره ساينتالوجي گفت: مي‌‏توان كاتوليك بود و هم زمان هم ساينتا لوجيست، مي‌‏توان يهودي بود و ساينتالوجيست، اما ما فقط سانيتالوجيست هستيم.
وي همچنين شايعه ايجاد اختلاف بين او و خانواده همسرش كه كاتوليك‌‏هاي متعصبي هستند را رد كرد. "تام كروز" در پاسخ به اين سوال خبرنگاران كه آيا خانواده "كيتي" با تغيير مذهب وي به "ساينتالوجي" موافقت كنند يا خير، جواب بله داد.
لازم به ذكر است،كليساي ساينتالوجي، سال 1954 در آمريكا افتتاح شد و در سراسر جهان 8 ميليون پيرو دارد. تعليمات اين مذهب نيز بر اساس نوشته‌‏هاي "ران هابارد"، نويسنده اي علمي استوار است.
"تام كروز" از پيروان سرسخت اين كليسا بوده و سال 2002 نيز سفري به آلمان داشت تا دولت اين كشور را متقاعد كند ممنوعيت فعاليت‌‏هاي اين گروه را از ميان بردارد.
"تام كروز" و "كيتي هولمز" از ژوئن 2005 نامزد بوده و اواخر تابستان يا اوايل پاييز آينده ازدواج مي‌‏كنند.